近期，科学家进行了几百种葡萄酒酿酒酵母菌株的基因组测序实验，结果表明，菌株的基因多样性较低，而近亲繁殖能力很高。在许多案例中显示，不同公司销售的酵母菌株几乎是相同基因的。这一结果在美国社会遗传学的4月G3（基因、基因组和基因学）问题周刊中已经发布，并建议，如果酿酒师想要改善葡萄酒酵母，他们需要利用拥有更多特性的菌株来创造杂交品种。
澳大利亚葡萄酒研究机构（Australian Wine Research Institute）的首席作家安东尼·博讷曼（Anthony Borneman）说道：“酿酒酵母必须具有比用于酿造或烘焙的菌株更为强大的抗性能力，例如在应对高糖高酸的葡萄汁时。我们的研究结果表明，目前酵母进化树上只有一小支可以被用于酿酒。”
酵母有助于激发和增加葡萄酒的风味，也可能是一瓶葡萄酒“风土”的一个组成部分，当地的风土条件造就了一瓶酒的独特风味。通常，葡萄酒的发酵采用的是纯天然酵母，但是年份与年份之间也会酿造出口感不一的葡萄酒。为了产生更可靠的结果，现今许多酿酒师使用供应商生产的纯活性干酵母菌株。
澳洲葡萄酒研究机构的科学家正在开发一种新型的酵母菌株，它可以在发酵过程中为葡萄酒带来不同的风味元素，包括提升香气。为了更好地理解培育新型酵母品种的基因多样性，该项研究的负责人为212种酿酒酵母菌株进行了测试，实验对象包括了商品酒中加入酿造发酵剂和菌株，而天然发酵的葡萄酒和酒精饮料则分装于另一容器中。
结果表明，几乎所有的酵母都极为相似，并且只携带酿酒酵母的基因多样性的一小部分。例如，香槟酵母第二次发酵过程中的多数菌株都携带几乎相同的基因变种。这些酵母可能都来自于同一祖先，或者来自于近亲交配的原始品种。所以，市场上不同公司销售的多数酵母几乎是毫无差别的。
但是，酵母菌株之间还是能够检测到微妙的基因区别的，这或许可以解释不同酵母带来的独特发酵和不同风味。有一些案例证实了这些区别。例如，4种菌株携带一组独特的基因，这组基因可以为葡萄酒产生一级芳香物质；一些商业菌株似乎是从非酿酒酵母菌株的杂交种衍生而来，并且含有一组与爱尔酵母（Ale Yeast）有关的基因簇。
不过，整个实验说明了仅从葡萄酒酵母研究是很难创造出新型菌株的，与其他种类多样的酿酒酵母进行杂交反而会产生更多的基因变种。目前，用于酿造日本清酒的酵母被发现带有不同于葡萄酒和爱尔酵母的基因。这些基因可以使酵母合成供应自身的维生素H，而不是依赖于食物来源吸收生物素。
除了用作酿酒师选择发酵酵母和菌株培养的原料，基因组测序为许多基因实验提供了一个研究平台，包括全基因组测试，它可以将特殊的基因变异与特定的风味或发酵特征相联系。
“我们希望在更好地了解酵母之后，可以将这一有机物充分地适用于特殊用途，就像我们在这一千多年里培育出了品种更为优良的植物和家畜一般，”博讷曼说道。
